Еще одной патологией желудочно-кишечного тракта с преимущественным поражением толстого и тонкого кишечника является болезнь Крона или гранулематозный энтерит. В отличии от НЯК воспалительный процесс при заболевании Крона поражает все слои кишечной стенки, характеризуется сегментарным распространением, может проявиться в любом отделе пищеварительного тракта, включая ротовую полость и прямую кишку. Несмотря на общую клиническую схожесть (боль в животе, диарея, потеря веса) данные патологии имеют абсолютно разную этиологию и морфологический субстрат при гистологическом исследовании. Часто болезнь Крона сочетается с внекишечными проявлениями — узловатой эритемой, афтозным стоматитом, артритами и спондилитами, воспалительными процессами в почках, печени и глазных яблоках. Осложнения аналогичны проявлениям неспецифического язвенного колита и требуют при необходимости хирургической коррекции.